سبب قتل او چند چيز بود:

1‌- جمع بسياري بر فسق و فجور، فاعل و مفعول شدن، حلال دانستن چرس و بنگ و شراب، جان دادن براي ديدن يك بي‌ريش و اغواي مسلمين توسط او؛ شهادت دادند و تأئيد كردند مايل نبودن او به يك مسلك و مذهب معين و اينكه مَني و خون را مطلقاً حلال مي‌دانست.

2‌- ارادهء او براي رفتن به همدان براي خروج، اضافه بر اين چون مريدان او در همدان شنيدند حبس او را، جمع شدند كه به كرمانشاه رفته و او را خلاص كنند و عده‌اي هم به كرمانشاه آمدند كه بعد ذكر مي‌گردد.

3‌- نامه‌هاي مريدان و خطابهاي ايشان به او كه او را شاه مطلق و واجب‌الاطاعه مي‌دانستند و او را معبود خطاب مي‌كردند و صفات الهي براي او قائل بودند كه شب و روزي چندين دفعه واصل مي‌شود و به آسمان عروج مي‌نمايد. از اين جهت چون صوفيان همدان كه از جملهء ايشان سرخ عليشاه بود (نورعليشاه او را لقب سرخ عليشاه داد و قبلاً نام او ابوالمعالي و خيلي سرخ و سفيد و خوشگل و زيبا بود و چون به حوض آب مي‌رفت براي شنا و خنك شدن، مردم براي تماشاي قامت زيباي او جمع مي‌شدند و اين فرد متأسفانه در دام و كمند مرشد افتاد و چون زير خرقه رفت، ملقب به اين لقب شد و نورعليشاه دختر خود را نيز به او داد)، وارد كرمانشاه شدند، چندي به جمع‌آوري مريدان و گول زدن مسلمين مشغول بودند. سپس آمدند در مجلس آقا براي معارضه و مخاصمه و سر دستهء ايشان سرخ عليشاه بود. در محضر عام اول سؤالي كه نمود اين بود: « معصوم علي بيچاره سيد عزيزي است، چه تقصيري دارد و كجا است »؟  آقا فرمود: « امّا مكان او حالا آسمان است و عروج نموده، چنانكه مذهب شما چنين است و امّا تقصير او علاوه بر فسق و فجور، كفر او است ». گفتند از كجا و به چه دليل؟ فرمود شهادت مردمان عادل و بزرگان علماء. گفتند شما از عداوت مي‌گوئيد. فرمود شما قول چه كسي را باور داريد؟ گفتند اگر جناب آقا سيدمهدي بحرالعلوم نجفي و آقا سيدعلي كربلائي(صاحب رياض) بنويسند كه كفر او بر ما مشخص است، قبول داريم (اين قول و اقرار را براي آن دادند كه نجف و كربلا دور بود، آيا كسي برود براي استفسار و آيا علماء نجف و كربلا مطلع باشند يا نه و آيا فتوي بنويسند يا نه. ولي خبر نداشتند كه مرحوم آقا براي رفع تهمت و اتمام حجّت به علماي كربلا نامه نوشته و استفتاء كرده بود و چون علماي عراق سابقهء معصوم عليشاه را داشتند و حتّي مدتي معصوم عليشاه در عراق به اغواي مردم اشتغال داشته بود، علماء عراق هر يك در جواب آقا نامه‌اي جداگانه نوشتند و فتواي خود را درج كردند. در اين موقع نامه‌ها نزد آقا حاضر بود). فرمودند فتواي ايشان را قبول داريد؟ گفتند: بلي. آقا نوشته‌ها را نشان داد و فرمود: اين نوشته و خط و مهر شريف ايشان است كه نوشته‌اند كفر او و نورعليشاه بر ما ثابت است.

بعداً آقا از سلسله و مشايخ اجازهء ايشان سؤال كرد. آنان مشايخ صوفيّه را شمردند و يك نفر شيعه در آنها نبود. آقا فرمودند: « خوب، معلوم شد كه مذهب شما غير از مذهب اهل ايمان است. با وجود اين چرا نام اسلام و ايمان بر خود بسته‌ايد »؟ گفتند ما هم به طريقهء اهل ايمان هستيم. يكي از علماي عراق به نام آقا سيداحمد حاضر بود، از سرخ عليشاه پرسيد كه بنا به طريقهء اهل ايمان انسان بايد يا مجتهد باشد يا مقلد، تو در عبادات خود چه مي‌كني؟ گفت: مجتهدم! از طريق اجتهاد و دليل آن و چند نفر از رجال سند احاديث سؤال نمود، بكلّي عاجز شد، لذا گفت مقلُد هستم! فرمود: مقلد كدام مجتهد؟ گفت مقلد آقاي بحرالعلوم. پس چند مسئله از او سؤال كردند، كاملاً عاجز و معلوم شد كه از مسائل خبري ندارد. بعد گفت من مدتها همخوابهء نورعليشاه بودم و از او غيرِ نيكي نديدم! چند نفر كه از افعال و اعمال نورعليشاه مطلع بودند گفتند اي بيچاره تو اين عيب را داشتي و اظهار و اقرار كردي! آقا فرمود اين دور شدگانِ از خدا را بيرون كنيد و با افتضاح ايشان را بيرون كردند. بعد آقا اذن عام داد و معصوم عليشاه را طلبيد و اول فرمود توبه كن، قبول نكرد. آقا در حضور عموم به آواز بلند به او خطاب كرد: « اي شاه! مريدان تو مي‌گويند تو باطن داري و عروج مي‌كني. من تو را مي‌كشم. هر فكري داري بكن و هر دَمي داري بدم و هر نفريني داري بكن و به هر جائي خواهي عروج كن. سه روز ديگر مهلت تو است كه هر فكري و وردي داري بكني و به هرجا خواهي عروج كن تا بر مريدان تو معلوم شود كه تو صادقي يا كاذب و باطن تو تأثير دارد يا ندارد و نالهء تو به من اثر مي‌كند يا نه؟ سه روز ديگر او را مهلت داد براي اتمام حجّت و بعد از سه روز او را در جوالي كردند و دستور داد به نهر آب قره‌سو غرق كردند.

بعد از قتل معصوم عليشاه، نورعليشاه توطئه كرد تا بر آقا محمّدعلي بشورند و با كشتن آقا خود و صوفيّه را از خطر حتمي نجات دهد، ولي آقا به او مهلت نداد و خود براي دستگيري او به محل اقامتش كه سرپل ذهاب بود تشريف برد. نورعليشاه از آنجا گريخت و پناه به دولت عثماني برد كه از آنجا به روم برود، ولي در موصل فوت كرد. چندي بعد هم مظفرعليشاه كرماني را در تهران دستگير و به فرمان فتحعلي‌شاه قاجار به كرمانشاه نزد آقا فرستادند و رفيق او معطرعليشاه را در همان تهران كشتند. مظفرعليشاه در حبس آقا كه بود، نامه‌اي به نورعليشاه نوشت كه آن نامه بدست آقا افتاد.

در كتاب خيراتيّه كه مرحوم آقا ردّ بر صوفيه نوشته، نامهء مذكور است، بعضي از جملات آن از كتاب وحيد بهبهاني نقل مي‌شود كه نوشته بود: از كدام درد بنالم، از درد فراق و غم مهاجرت « يا كاشف غم المغمومين » يا از عناد و لجاج مخالفين « يا مهلك الجبابرة و الفراعنه » يا از ضعف و فتور مؤافقين « السلام عليك يا معين الضعفاء » يا از درد ضعف قلب و وحشت دل اين ضعيف « يا نور المستوحشين ». چه عرض كنم « كفي علمك عن المقال و كفي كرمك عن السؤال برحمتك يا ارحم الرحمين يا من هو الحفيظ تعالي شأنه ».

در ظَهر نامه نوشت: اين عريضه‌اي است كه به آستان الرونقية النورية المعصومية المرتضوية النورية و الولاية و الالهية و العلوية عصمت عظمته و كبريائه و عظمت قدرته و نعمائه...

چون نامه بدست آقا افتاد و همچنين وجود او را براي جامعه شيعي و ايراني مُضر و خطرناك تشخيص داده بود، دستور داد او را نيز مسموم نمودند. چون چنين شد، عرفاء و صوفيان هر يك مانند مورچه‌اي فرار كردند و به گوشه‌اي مخفي شدند و سر و صدا خوابيد. مخفي نماند هر يك از مظفرعليشاه و نورعليشاه و ساير همدستان او اشعاري دارند كه دلالت بر كفر و ضلالت آنها دارد. بعد از آنكه مرحوم آقا چنانكه ذكر شد، از ساير علماء فتوي گرفت، صوفيه را به دارالبوار فرستاد. فتواي بعضي از علماء كه به مرحوم آقا جواب داده‌اند چنين است:

فتواي علامهء بحرالعلوم در بارهء صوفيه: بسم الله خير الاسماء؛ در خروج اين طائفهء مردوده از طريقهء سداد و رشاد و سعي اينها در فساد و افساد عباد و بلاد شك و شبهه‌اي نيست، و به سر حدّ ظهور رسيده و تأملي در آن نمي باشد. سيد محمدمهدي طباطبائي.

فتواي علامه آقا سيدعلي صاحب رياض: بسم الله، مخفي نماند كه مخالفت طريقه و رفتار اين طائفهء هالكه با طريق شرع انور در ميان عالميان مشهور و به سر حدّ ظهور رسيده، تأملي در آن نمي‌باشد. بلكه پاره‌اي اخبار و نقلهاي چند از ايشان نزد داعي به حدّ شياع و استفاضه رسيده كه هرگاه يكي از آنها از كسي ظاهر و صادر شده، ثابت شود كه اعتقادي او است، بلاتشكيك قتل و احراق او عقلاً و نقلاً واجب و لازم است.

فتواي علامه سيدمحمد مهدي شهرستاني: بسم الله تعالي، مخالفت رفتار و طريقه ناهنجار اين اشقيا با طريقهء شرع انور و ملت مطهر حضرت سيدالبشر عليه و علي آلاف التحية و السلام در نهايت وضوح و ظهور كالنور علي الطور و بر كافهء خلائق ظاهر و واضح مي‌باشد، خصوصاً اين شقي‌الاشقياء(معصوم عليشاه) كه پيرو مرشد بقيهء ارباب ضلال بوده و آن شقي(نورعليشاه)كه در اطراف و اقطار او را مرشد مي‌دانند و تعظيم و توقيري كه نسبت به او مي‌نمودند، احدي نسبت به ائمه طاهرين ننموده و اين شقي(معصوم عليشاه) را تعظيم مي‌نمودند، به حدّي كه او را در السنه و افواه اين اشقياء به معبود خطاب نموده و به همين لقب بدبخت نامحمود را اسم برده و خود او هم اِبا و امتناعي از اين خطاب نداشته، براي كفر و الحاد و زندقهء او كفايت مي‌كند « كَفي بِهِ اِثْماً مُبِيناً ». مجملاً بر كافه اهل اسلام تعزير و تكفير و طرد و نفي و ابعاد ايشان متحتم و از لوازم ايمان است.